Μονομελή και Συλλογικά όργανα Διοίκησης – Εσωτερική Διάρθρωση Διοικητικών Υπηρεσιών
Σύμφωνα με τον Εσωτερικό Κανονισμό των Ακαδημιών Εμπορικού Ναυτικού (ΕΣ/ΑΕΝ) (ΦΕΚ Β 2240/2019) τα όργανα διοίκησης της ΑΕΝ διακρίνονται σε μονομελή και συλλογικά.
α) Μονομελή όργανα είναι: ο Διοικητής Α.Ε.Ν., ο Υποδιοικητής Α.Ε.Ν., οι Διευθυντές Σχολών, οι Αναπληρωτές Διευθυντές Σχολών, οι Υπεύθυνοι Τομέων και οι Υπεύθυνοι Εργαστηρίων.
β) Συλλογικά όργανα είναι : το Συμβούλιο Α.Ε.Ν. (Σ.Α.Ε.Ν.), το Εκπαιδευτικό Συμβούλιο της Σχολής και η Συνέλευση Τομέα. Αντίστοιχα ορίζονται ως όργανα διοίκησης της Σχολής, το Εκπαιδευτικό Συμβούλιο (Ε.Σ.), ο Διευθυντής και ο Αναπληρωτής Διευθυντής.
Με έτερη διάταξη του Εσωτερικού Κανονισμού των Ακαδημιών Εμπορικού Ναυτικού (ΕΣ/ΑΕΝ), για την υποστήριξη του εκπαιδευτικού έργου, των σπουδαστών/στριών, του προσωπικού και των εγκαταστάσεων, λειτουργούν σε κάθε Α.Ε.Ν. Διοικητικές Υπηρεσίες, οι οποίες διαρθρώνονται ως εξής: